…..Erst um 1500 begannen die eigentlichen Usbeken, die Geschichte der Region des heutigen Usbekistan zu prägen. Auch sie waren ein Nomadenvolk, das aus der Steppe kam. Benannt wurden sie nach Usbek (1312-1340), einem Chan der Goldenen Horde. Der Chan Muhammad Schaibani, ein Nachfahre Dschingis Chans, besetzte Buchara und Samarkand und erklärte sich zum Herrscher von Trans-oxanien. Buchara wurde seine Hauptstadt, und kurze Zeit später eroberte er auch Herat - damit waren Timurs Nachfolger endgültig geschlagen.
…..Das Usbekenreich erwies sich wirtschaftlich nicht als lebensfähig, und kein Chan schaffte es, es wieder in Schwung zu bringen. Es gab zu viele Handwerker ohne Arbeit, und es war nicht genügend Geld vorhanden, um die Bewässerungsanlagen zu erhalten. Logische Folge waren die geringeren Erträge der Landwirtschaft und damit auch geringere Staatseinnahmen, was wiederum zu Inflation und erhöhten Steuern führte. Mehrere Kriege, vor allem mit Babur, einem Timuriden, der versuchte, wieder an die Macht zu kommen, letztlich nach Indien floh und dort die Mogul-Dynastie begründete, schwächten die Position der Usbeken.
…..Dennoch herrschte die Dynastie der Schaibaniden bis 1599, ihre Hauptstädte waren abwechselnd Samarkand und Buchara. Auch Taschkent wurde von Angehörigen der Dynastie beherrscht. Ein anderer Zweig der Familie setzte sich in Choresm fest und gründete dort einen Staat, das spätere Chanat von Chiwa, in dem die Schaibaniden bis 1920 regierten. Im 18. Jahrhundert gründete wiederum ein anderer Zweig der Familie das Chanat von Kokand, nachdem der örtliche Herrscher aus Fergana vertrieben worden war. Bis 1876 existierte das Chanat als selbständiger Staat.
Das ganze 18. Jahrhundert hindurch und bis ins 20. Jahrhundert hinein bestimmten das Emirat Buchara und die Chanate Chiwa und Kokand die politische Struktur des Landes.